Das genaue Alter der Mühle ist nicht bekannt. Wahrscheinlich existierte sie bereits im 13. Jahrhundert. Im Jahre 1641 war Caspar Naupold Besitzer der Mühle.

Die Mühle hatte einen alten und einen neuen Mahlgang; einen Schneidegang und durfte fünf Esel halten. Da der Bach nicht immer genug Wasser führte, wurde der Teich als Wasservorrat genutzt.

Im Jahre 1958 wurde die Naupoldsmühle an die Gaststätten der HO Berlin-Friedrichshain verkauft. Diese gaben die Naupoldsmühle 1960 wegen Unwirtschaftlichkeit an den VEB “Thüringer Teppichwerke” Münchenbernsdorf ab. In den Jahren  1960-1963 erfolgte durch diesen Betrieb der Um- und Ausbau als Kinderferienlager und Betriebsferienheim. Im Jahre 1964 war die Wiedereröffnung.

Der Bau des Armeeobjektes in Tautenhain und die damit verbundene Sperrung der umliegenden Waldgebiete in den Jahren 1966-1968 bewirkte einen Rückgang der Besucherzahlen. 1990 fand der letzte Durchgang des Kinderferienlagers statt.  Ab dem Jahre 1993 erfolgte die private Betreibung. 

Heute bietet die Naupoldsmühle neben einer Gastronomie auch Ferienunterkünfte und einen Festsaal für Feierlichkeiten an. Ein kleines Tiergehege und Kremserfahrten komplettieren das Angebot.